|
|
Mikroextrakce DNA z rostlinných tkání zeleniny
Cesnak, Filip ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Diplomová práca bola zameraná na porovnanie dvoch mikroizolačných metód DNA s využitím magnetických častíc z potravín rastlinného pôvodu. Vzorky mali rôznorodé, komplexné matrice a boli v surovom (brokolica, list z jahodníka obecného) alebo technologicky opracovanom stave (jahodový džem). Prvá metóda využíva na manipuláciu magnetických častíc magnetický separátor a slúžila ako štandart pri porovnaní. Druhá metóda využíva paramagnetickú ihlu, ktorej výhodou by mala byť možnosť izolácie DNA vo vyššej kvalite bez výraznej kontaminácie polyfenolickými látkami či proteínmi. Vhodnosť metódy bola vyhodnotená štatistickým porovnaním výsledkov získaných obidvomi metódami. Kvalita DNA bola posúdená testovaním amplifikovatelnosti izolovanej DNA pomocou PCR. Amplifikované produkty boli vizualizované na agarózovom gély pomocou elektroforézy.
|
|
|
Izolace DNA s použitím nově syntetizovaných magnetických nosičů
Machan, Radoslav ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Teoretická časť práce bola zameraná na poskytnutie prehľadu základných vlastností magnetických častíc, ich morfológie, základných spôsobov ich syntézy, interakcie s DNA a aplikácie v oblasti biotechnológií a biomedicíny. Cieľom praktickej časti práce bolo overiť použitie novo navrhnutých magnetických častíc pri izolácii laktobacilovej DNA a DNA z teľacieho týmu. Na izoláciu DNA boli použité dva druhy magnetických nosičov: hypersieťované poly(glycidyl methakrylát-co-[2-(methakryloyloxy) ethoxy]octová kyselina-co-ethylen dimethakrylát) mikročastice pokryté amínovými skupinami - P(GMA-MOEAA-EDMA)-NH2 a magnetické neporézne magnetické poly(2-hydroxyethyl methakrylátové) mikročastice pokryté karboxylovými skupinami – P(HEMA-co-GMA)-COOH. Pre každý typ častíc boli testované dva odlišné postupy prípravy separačnej zmesi a dve rôzne koncentrácie poly(etylénglykolu) 6000 (PEG 6000) ako kondenzačného činidla. Medzi oboma typmi magnetických častíc boli zistené rozdiely pri izolácii DNA. Pri oboch typoch častíc bolo dokázané, že za podmienok izolácie pri koncentrácii PEG 6000 8 % sú vhodné na izoláciu DNA v kvalite vhodnej pre PCR.
|
|
|
Izolace DNA s použitím nově syntetizovaných magnetických nosičů
Machan, Radoslav ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Teoretická časť práce bola zameraná na poskytnutie prehľadu základných vlastností magnetických častíc, ich morfológie, základných spôsobov ich syntézy, interakcie s DNA a aplikácie v oblasti biotechnológií a biomedicíny. Cieľom praktickej časti práce bolo overiť použitie novo navrhnutých magnetických častíc pri izolácii laktobacilovej DNA a DNA z teľacieho týmu. Na izoláciu DNA boli použité dva druhy magnetických nosičov: hypersieťované poly(glycidyl methakrylát-co-[2-(methakryloyloxy) ethoxy]octová kyselina-co-ethylen dimethakrylát) mikročastice pokryté amínovými skupinami - P(GMA-MOEAA-EDMA)-NH2 a magnetické neporézne magnetické poly(2-hydroxyethyl methakrylátové) mikročastice pokryté karboxylovými skupinami – P(HEMA-co-GMA)-COOH. Pre každý typ častíc boli testované dva odlišné postupy prípravy separačnej zmesi a dve rôzne koncentrácie poly(etylénglykolu) 6000 (PEG 6000) ako kondenzačného činidla. Medzi oboma typmi magnetických častíc boli zistené rozdiely pri izolácii DNA. Pri oboch typoch častíc bolo dokázané, že za podmienok izolácie pri koncentrácii PEG 6000 8 % sú vhodné na izoláciu DNA v kvalite vhodnej pre PCR.
|
|
|
Mikroextrakce DNA z rostlinných tkání zeleniny
Cesnak, Filip ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Diplomová práca bola zameraná na porovnanie dvoch mikroizolačných metód DNA s využitím magnetických častíc z potravín rastlinného pôvodu. Vzorky mali rôznorodé, komplexné matrice a boli v surovom (brokolica, list z jahodníka obecného) alebo technologicky opracovanom stave (jahodový džem). Prvá metóda využíva na manipuláciu magnetických častíc magnetický separátor a slúžila ako štandart pri porovnaní. Druhá metóda využíva paramagnetickú ihlu, ktorej výhodou by mala byť možnosť izolácie DNA vo vyššej kvalite bez výraznej kontaminácie polyfenolickými látkami či proteínmi. Vhodnosť metódy bola vyhodnotená štatistickým porovnaním výsledkov získaných obidvomi metódami. Kvalita DNA bola posúdená testovaním amplifikovatelnosti izolovanej DNA pomocou PCR. Amplifikované produkty boli vizualizované na agarózovom gély pomocou elektroforézy.
|
|
|
Magnetic Beads-Based Electrochemical Techniques for DNA-Protein Interaction Monitoring
Fojta, Miroslav ; Pivoňková, Hana ; Němcová, Kateřina ; Horáková Brázdilová, Petra ; Havran, Luděk ; Orság, Petr ; Vidláková, Pavlína ; Macíčková-Cahová, Hana ; Balintová, Jana ; Hocek, Michal
Electrochemical techniques, in connection with separation of nucleoprotein complexes at magnetic beads, are suitable for the monitoring of DNA-protein interactions. For the detection of complexes captured at the beads it is possible to utilize intrinsic electrochemical activity of the protein, intrinsic structure-selective signals of the DNA, or indicator DNA substrates tail-labeled with electroactive moieties.
|
|
|
Biosensors for Environmental Monitoring and Biomedical Applications
ŠTOFIK, Marcel
Study of biosensors has become an essential part of research in biotechnology. Biosensors as fast, portable, highly sensitive, and low-cost bioanalytical detection devices have been utilized in many fields of human activity. The first part of the presented work focuses on electrochemical biosensors for rapid environmental screening of herbicides as water pollutants. A sol-gel immobilization method for a photosystem II (PSII) complex is studied in order to enhance the sensitivity and the signal strength and stability of a PSII-based biosensor. Computer simulations of a PSII biosensor are employed with the aim to find out how the immobilization membrane properties influence the biosensor parameters. Newly developed immobilization by a thin-layer membrane based on the results of computer simulations and revised measurement protocols are presented. The second part of the work is devoted to synthesis and electrochemical detection of newly developed metal labels for electrochemical immunosensors. The synthesis of dendrimer-encapsulated silver nanoparticles and biorecognition properties of biotin-nanocomposite conjugates are discussed. For detection of synthesized labels, a microfluidic detector was manufactured and tested and different approaches to packing of a microfluidic chip employing polydimethylsiloxane (PDMS) were investigated. Newly designed microstructures for a microfluidic separator of magnetic beads (MBs) were studied by computer simulations. The separator was made and trapping of MBs for the further employment in MBs-based immunoassays are presented
|
host ::
RSS.